במצפה הימים פועלת אחת מהחוות האורגניות המגוונות בעולם. בשטח החווה המשתרע על פני כ- 150 דונם ישנם גידולי פירות, ירקות, דיר, רפת, לול ומחלבה.
מרעה העיזים, הכבשים והפרות הוא מרעה חופש. מרעה חופש הוא מרעה הנחשב נדיר בישראל.
מסעדות המלון (הצמחונית והבשרית) עושות שימוש קבוע ביבול הגידולים העונתיים של החווה האורגנית, המחלבה ומשק החי.
שאריות מזון אינן נזרקות אלא מופנות למשק החי וליצירת קומפוסט בתהליכים טבעיים.
בקבוקים מזכוכית ופלסטיק ממוינים ונאספים על ידי תאגיד המחזור.
במלון קיים מיכל לאיסוף קרטונים.
תנובת החווה משמשת ליצירת שפע של מוצרים טבעיים, לרבות פירות מיובשים (תהליכי ייבוש טבעיים שאינם משלבים כל חומר כימי, בניגוד לכל הקיים בשוק) ריבות, ליקרים, חליטות, סבונים ועוד.
בחוות המלון לא נעשה שימוש בכימיקלים בתהליכי ההכנה, הגידול וההדברה של גידולי המלון השונים. הדברה מתבצעת באמצעות שיטות שונות טבעיות ומסורתיות, הכוללות גם שימוש בפרחים וצמחים שונים הנחשבים דוחי מזיקים/מושכי מזיקים, כנימות, בקבוקים, רשתות, פתיונות, דילול וחוטי בילבול אורגניים.
לא נעשה במלון שימוש בציוד מכני לחקלאות, למעט טרקטורים ומכונה לריסוק גזם.
הגזם מרוסק (לא נשרף), נשאר באדמה והופך לקומפוסט.
במלון קיימת מערכת איסוף מי גשמים מגגות המבנים ומשטחים אטומים למאגר מים מרכזי, מים אלה מנוצלים לחקלאות ולנוי. זרימת המים בבריכות בתעלות, משמשת בקיץ לצינון האוויר.
מי המלון מופנים לאחר השימוש למאגר טיהור הנמצא בקרבת מקום.
שטחי הגידול הנרחבים של החווה האורגנית נקיים מחומרים כימיים. בשדות אין הזנת חומרים.
אגרונומים וחקלאים מכל העולם מביעים הערכה עצומה לאיכות האדמה של החווה הארוגנית של מצפה הימים.
בסוף שנת 2009, קיבל המלון מהמשרד הישראלי לאיכות והגנת הסביבה, מכתב הערכה למלון ירוק, המציין את דרכו והתנהלותו הייחודית של המלון תוך ציון ערכי שמירת איכות הסביבה.
מלון ירוק
מלון ירוק
כמה עובדות ירוקות על מצפה הימים: